Tilgangurinn með samstarfi milli skólastiga er að skapa samfellu í námi barna, koma til móts við þarfir þeirra og stuðla að markvissari uppbyggingu náms. Mikilvægt er til að ná þessum markmiðum að treysta á gagnkvæma þekkingu og skilning kennara á þessum tveimur skólastigum á starfi og starfsaðstæðum hvers annars. Markmiðið er að stuðla að vellíðan og öryggi barna og foreldra þegar börnin flytjast á milli skólastiga.Til að ná þessu markmiði er mikilvægt að samræmi sé milli þess sem börn vinna með eða gera í leikskólanum og þess sem unnið er að í grunnskólanum; að kröfur og væntingar í sambandi við vinnubrögð, nám og samskipti séu rædd og mótuð og séu öllum kunn. Ekki er stefnt að því að allt eigi að vera eins á skólastigunum heldur að mismunurinn sé innan þeirra marka að hann valdi ekki óöryggi og kvíða hjá börnum og foreldrum þeirra.
Helstu markmið samstarfs og tengsla milli skólastiga eru að skapa samfellu í námi nemenda, koma til móts við þarfir þeirra og stuðla að markvissari uppbyggingu námsins.Skólinn á í góðu samstarfi við Menntaskóla Borgarfjarðar. Í samstarfinu felst m.a. ábyrgð á upplýsingagjöf milli skólanna, til nemenda og foreldra um nám á framhaldsskólastigi og hvernig samstarfinu er háttað. Á grunnskólagöngu sinni fá nemendur upplýsingar um framhaldsskólastigið í heild sinni og námsframboð einstakra skóla, einkum Menntaskóla Borgarfjarðar. Við skólann er starfandi náms- og starfsráðgjafi sem aðstoðar nemendur við að velja nám við hæfi. Sveitarfélög koma á samstarfi grunn- og framhaldsskóla.
Nemendum er heimilt að stunda nám í einstökum námsgreinum á framhaldsskólastigi að loknu grunnskólanámi í viðkomandi námsgreinum. Námið er á ábyrgð grunnskólans og vitnisburður um það því birtur á vitnisburðarblaði nemandans við lok grunnskóla.
Varðandi nemendur sem hafa verið í sérdeild skólans eða notið sérúrræða í grunnskólanum, skulu kennarar og aðrir fagaðilar, ásamt nemanda og foreldrum hans, taka þátt í mótun og gerð tilfærsluáætlunar vegna fyrirhugaðs náms hans í framhaldsskóla og skal miða við að undirbúningur hennar hefjist í 9. bekk.
Áherslur í samstarfinu eru eftirfarandi:
Stjórnendur skólanna funda reglulega með það að markmiði að efla upplýsingastreymi og samstarf á milli skólanna, s.s. með sameiginlegu námskeiðahaldi og fagfundum þvert á skólastigin.
Stjórnendur MB koma í grunnskólann að kynna starf MB fyrir nemendum í tíunda (og níunda) bekk. Starfsmenn fá einnig stutta kynningu.
Nemendum skólans er boðið að taka þátt í völdum þáttum í félagslífi Menntaskólans.
Um árabil hefur þróast ákveðin samvinna milli leik-, grunn- og háskólans á Hvanneyri. Þessi samvinna hófst sem stuðningur áhugasamra foreldra og velunnara við metnaðarfullt skólastarf. Samvinnan felst m.a. í því að nemendur fá að: vinna í gróðurhúsi, heimsækja fjós og Landbúnaðarsafn, nota svæði við skjólbelti, skoða listaverk Landbúnaðarháskóla Íslands, taka á móti skólahóp leikskólans og fá boð á viðburði í skólanum. Allt eru þetta þættir sem eru komnir með ákveðna hefð innan leik- og grunnskólans.
Í maí 2009 var undirritaður samstarfssamningur sem fékk nafnið Lengi býr að fyrstu gerð. Sá samningur var endurbættur í maí 2019 í tengslum við nýja aðalnámsskrá grunnskóla. Allir þessir skólar hafa þann kost að göngufæri er á milli þeirra og þar af leiðandi enginn aksturskostnaður. Skóli er hluti af samfélaginu og hlutverk hans felst ekki síst í því að leiða nemendur inn í þetta samfélag, gera þá meðvitaða um störfin sem þar eru unnin og hvernig það sem þeir læra tengist störfunum.