Grunnskóli Borgarfjarðar er þátttakandi í verkefninu Heilsueflandi grunnskóli sem er ætlað að styðja skóla í markvissri heilsueflingu í starfinu.
Skólastarf Grunnskóla Borgarfjarðar tekur mið af þessu en skóladagur nemenda á yngsta- og miðstigi hefst á hverjum degi á morgungöngu þar sem genginn er ákveðinn hringur. Jafnframt fá nemendur 4 kennslustundir á viku í íþróttum en viðmiðunarstundarskrá gerir einungis ráð fyrir 3.
Á Kleppjárnsreykjum og Varmalandi hefur verið unnið í samstarfi við ungmennafélögin á svæðinu þannig að íþróttaæfingar yngri barna eru á skólatíma. Þannig styttist vinnutími barnanna, foreldrar þurfa minna að skutla og fleirum gefst þannig kostur á að æfa íþróttir.
Valgreinar eru í boði fyrir nemendur í 5.-10. bekk, mis oft í viku fyrir hvern árgang.
Meðal valgreina sem boðið hefur verið upp á er Ferðamennska og rötun, þar sem nemendur lærðu réttan útbúnað til útivistar.
Útieldun er einnig mjög vinsælt val þar sem nemendur elda á báli ýmisskonar góðgæti.